Święta decyzja
W tym czasie rodzi się pragnienie jeszcze większego przylgnięcia do Boga. Coraz silniej dociera do Mikołaja przekonanie, że sumienna praca i służba na rzecz rodziny oraz społeczności lokalnej nie jest wystarczającą drogą do świętości. Pogrąża się w rozterkach, bezradnej modlitwie, atakują go pokusy. W Kerns probostwo obejmuje ks. Heimo am Grund, któremu Mikołaj powierza trudności duchowe, a ten zachęca go do codziennego rozważania Męki Pańskiej. To przynosi Szwajcarowi pokój ducha ale też pewność, żeby obrać drogę pustelnika Macieja Hattingera, którego poznał jeszcze w dzieciństwie. Wzmagają się wizje, stają się wręcz namacalne, kiedy np. spotyka trzy tajemnicze osoby, co do złudzenia przypomina nawiedzenie Abrahama pod dębami Mamre.
W 50. roku życia Mikołaj z Flüe podejmuje decyzję, która nawet w tamtych czasach wydaje się drastyczna. Po wielu błaganiach, uprosiwszy żonę, zostawia rodzinę i gospodarstwo. Po krótkim epizodzie wędrówki do Alzacji, wraca w rodzinne strony i zakłada pustelnię niedaleko rodzinnego domu. Odtąd przez kolejne 20 lat prowadzi żywot ascety - nic już nie odrywa go od głębokiej modlitwy i praktyk pokutnych.
Godzinami medytuje też tajemniczy święty obraz, składający się z siedmiu medalionów. Miejscowi nazywają go odtąd Bratem Klausem. Potwierdzeniem właściwie wybranej przezeń drogi jest gruntownie udokumentowany (i sprawdzony przez biskupa Konstancji!) fakt, że pustelnik obywa się bez jedzenia i picia żyjąc tylko Eucharystią. Niedługo przyszło mu też cieszyć się odosobnieniem. Z całej Europy przybywają doń zarówno prostaczkowie, jak i wielmoże, a przed jego pustelnią koczują nieraz tłumy. Brat Mikołaj ma bowiem charyzmat uzdrawiania i jasnowidzenia - za jego przyczyną dzieją się cuda. Eremita okazuje się też doskonałym rozjemcą w nawet najbardziej zapiekłych sporach. Pod koniec swojego pustelniczego życia charyzmatyk dokonuje cudu na skalę państwową.
