Pod jego kierunkiem zostały opracowanie i zatwierdzone przez Konferencję Episkopatu Polski w dniu 20 czerwca 2001 r.: "Podstawa programowa katechezy Kościoła katolickiego w Polsce", "Dyrektorium katechetyczne Kościoła katolickiego w Polsce" i "Program nauczania religii".
Z okazji 20-lecia obecności religii w szkole bp Nycz mówił (w 2010 r.): "Czasem wydaje się nam, że możemy rodzinę zastąpić, ale jest to z gruntu błędne mniemanie. Katecheza jest wielkim, świętym procesem Kościoła, dokonującym się w wielu miejscach, z których najważniejszym jest dom. Szkoła i parafia przychodzą rodzinie z pomocą w procesie wychowywania religijnego dziecka". Zwracał uwagę, że wychowawcy szkolni powinni zmienić swój styl - z autorytarnego na partnerski, a nauczyciel powinien być przewodnikiem, który kocha. Zaś katecheza nie może być nauczana ex cathedra, a ma odpowiadać na najtrudniejsze nawet pytania, stawiane przez młodego człowieka.
Autorytet bez piedestału
9 czerwca 2004 r. został mianowany przez papieża Jana Pawła II biskupem diecezjalnym koszalińsko-kołobrzeskim. Oznaczało to przenosiny kilkaset kilometrów na północ oraz kompletną zmianę otoczenia i charakteru wyzwań duszpasterskich. Nowy ordynariusz wprowadził przy parafiach katechezę pozaszkolną w małych grupach w ramach przygotowania młodzieży gimnazjalnej do przyjęcia sakramentu bierzmowania. Wspólnotom parafialnym polecił także troskę o kontakt z młodzieżą studiującą.
Opracował program pomocy dla uzdolnionej młodzieży "Koszalińska Barka", w ramach którego grupa najbiedniejszej młodzieży ponadgimnazjalnej otrzymuje dofinansowanie na zakup biletów miesięcznych, opłacenie pobytu i wyżywienia w internacie. Była to wspólna inicjatywa Urzędu Miasta Koszalin i biskupa ordynariusza. Projekt finansowany jest z budżetu miasta.
"Nie jest hierarchą na piedestale, a jednocześnie ma niesamowity autorytet, który nie zachowuje sztucznego dystansu, jaki charakteryzuje może nawet innych biskupów" – mówił ks. Krzysztof Zadarko, ówczesny rzecznik Kurii diecezji koszalińsko-kołobrzeskiej.
Podkreślał, że bp Nycz łatwo nawiązuje kontakt z ludźmi, burzy wszelkie bariery, z nim każdy czuje się jak w domu: "Posiada zdolność rzadko spotykanego dialogu bez uprzedzeń, jednocześnie broniąc swoich wartości. Nie byłoby to możliwe bez umiejętności słuchania. On wysłuchuje wszystkich stron, argumentów, zanim sam coś powie".
Prezydent Koszalina Mirosław Mikietyński bardzo cenił u biskupa jego twórczą i aktywną postawę, zaangażowanie w wiele przedsięwzięć edukacyjnych, społecznych. "Tę współpracę z bp. Nyczem oceniam nie jako cenną, lecz bezcenną" – przyznawał prezydent. I zwracał uwagę na jego otwartość i kontaktowość: "Biskup, który potrafi zadzwonić, czy wysłać SMS-a w sprawach nie zawsze oficjalnych chyba rzadko się w Polsce zdarza. Jest przy tym człowiekiem głęboko wierzącym, taką wiarą powiedziałbym, nowoczesną, na miarę XXI wieku".
Już wówczas był zawsze dostępny dla księży: wszystkim dał numer swojego telefonu komórkowego, by mogli do niego dzwonić o każdej porze. "Jest całkowicie oddany ludziom i Kościołowi, zresztą jego dewizą biskupią są słowa 'Z ludu i dla ludu'. Każdą wolną chwilę przeznacza dla innych, rzadko można go spotkać wypoczywającego" – wspominał ks. Zadarko.
Kościół ponadpartyjny
Bp Nycz nie unika wypowiedzi dotyczących ważnych kwestii społecznych i politycznych. Zawsze przy tym stoi na stanowisku, że Kościół może wypowiadać się w sprawach politycznych, ale tylko w tych, jakie określa nauka społeczna Kościoła. W związku z tym stale przypomina jej podstawową zasadę, jaką jest troska o dobro wspólne i o to apeluje do polityków wszystkich, nieraz zwaśnionych ze sobą opcji.
Jako biskup koszalińsko-kołobrzeski w jednym z listów pasterskich na Wielki Post podkreślał, że duchowni i media katolickie nie mogą się wiązać z jedną opcją polityczną: "Trzeba słuchać Kościoła wtedy, gdy duchowni i katolickie media ulegają pokusie wiązania się z konkretnymi partiami i próbują uprawiać politykę. To jest właśnie zadanie ludzi świeckich w Kościele". Podkreślał, że najważniejszym zadaniem Kościoła jest niesienie ludziom zbawienia, bo po to jest on potrzebny światu i człowiekowi, który często się gubi.
Odnosząc się w 2006 r. do problemu lustracji w Kościele oceniał, że w tej nowej, traumatycznej sytuacji Kościół musi sobie poradzić i sobie poradzi. Sprzeciwiał się przy tym "dzikiej lustracji" podkreślając, że nie można tego robić w sposób ahistoryczny, nie uwzględniając specyfiki i kontekstu tamtych czasów.
Jako metropolita warszawski niejednokrotnie apelował do polityków, by potrafili myśleć "ponad podziałami". W grudniu 2016 r. odnosząc się do kolejnych napięć politycznych, deklarował w rozmowie z dziennikarzami: "Jeżeli byłoby trzeba, jestem gotów pójść drugi raz do parlamentu na Opłatek, by święta były spokojne, by wszyscy potrafili myśleć w kategoriach dobra wspólnego". I wyznawał z goryczą: “Im jestem starszy, tym muszę powiedzieć, że człowiek żyje taką nadzieją, iż kolejne święta będą coraz bardziej spokojne, a jakoś trudno się tego doczekać. To potwierdza, dlaczego my ludzie potrzebujemy wielu adwentów, by się nawrócić, przygotować, otworzyć, potrzebujemy wielu świąt Bożego Narodzenia i wielu stołów wigilijnych, wielu opłatków".
Kościół potrzebny także na manowcach
3 marca 2007 r. Nuncjatura w Warszawie ogłosiła decyzję Benedykta XVI o mianowaniu bp. Kazimierza Nycza arcybiskupem metropolitą warszawskim. Na początku swej posługi w Warszawie podkreślił, że jego priorytetami będą: dobra współpraca z kapłanami, otwarcie na świeckich oraz katecheza dzieci i młodzieży. Zadeklarował dobrą współpracę z mediami zaznaczając, iż „bez mediów Kościół sobie nie poradzi”. Zapowiedział także, że nie da się zaszufladkować politycznie, zaś najważniejsze będą dla niego sprawy duchowe, w tym pomoc ludziom, którzy się zagubili.
Ingres do bazyliki archikatedralnej Św. Jana Chrzciciela w Warszawie odbył w Niedzielę Palmową 1 kwietnia 2007 r. W tym samym roku abp Nycz został mianowany ordynariuszem wiernych obrządku wschodniego w Polsce nie mających własnego biskupa. Jeszcze przed kanonicznym objęciem archidiecezji, pytany o odwołany ingres abp. Stanisława Wielgusa, który złożył rezygnację z urzędu metropolity warszawskiego po fali oskarżeń o współpracę z SB, abp Nycz powiedział, że jest człowiekiem, który nie lekceważy przeszłości, ale idzie też ku przyszłości: „Trzeba najbliższą przeszłość korygować, naprawiać, leczyć, ale nie rozdrapywać. Leczyć należy ją przez pozytywną, duszpasterską, wspólną pracę Kościoła warszawskiego”.
Określił też wówczas swoje duszpasterskie priorytety zaznaczając, że przede wszystkim chce być dobrym biskupem, który dobrze sprawdzi się na płaszczyźnie życia duchowego, moralnego, prowadząc prowadzić Kościół po "meandrach i manowcach" współczesnego świata. "Tam Kościół też powinien być, bo tam są ludzie, którzy często się pogubili i potrzebują kogoś, kto by ich prowadził. I tam jest potrzebny Kościół kompletny, tzn. Kościół księży i świeckich" – dodał.
Od duszpasterstwa do nowej ewangelizacji
Jako metropolita warszawski (a od listopada 2010 r. także kardynał) – podjął szereg działań na rzecz decentralizacji działań kurii archidiecezjalnej, ściślejszego kontaktu z wiernymi i z pracującymi z nimi duszpasterzami oraz na rzecz formacji apostolskiej wiernych.