Bardzo otwarcie mówi o wyzwaniach stojących dziś przed Kościołem w Polsce, starając się nazywać po imieniu także niedomagania wierzących, w tym duchowieństwa. Charakterystyczny był pod tym względem adwentowy list do księży z 2011 r., w którym alarmował, że w całej Polsce dokonuje się proces odchodzenia od Chrystusa, Kościoła i praktyk religijnych. „Wydaje się, że zbyt długo myśleliśmy o tym, że dom Kościoła skupia 95 proc. Polaków" – przyznawał kardynał dodając, iż dlatego właśnie Kościół wychodzi do wszystkich z jednakowymi propozycjami duszpasterskimi, podczas gdy znaczna część społeczeństwa potrzebuje pierwszej ewangelizacji, nowej ewangelizacji.
„Nasze pokolenie kapłańskie zostało, jak się wydaje, dobrze przygotowane do pracy duszpasterskiej, gorzej natomiast do ewangelizacji, czyli pozyskiwania zagubionych dla Chrystusa” – oceniał kard. Nycz zachęcając księży do gotowości rozmowy także z niewierzącymi i troskę o tych mieszkańców parafii, "którzy z parafialnego domu odeszli".
W podobnym duchu uwrażliwiał katechetów: „Księża idą do klas szkolnych z katechezą, która jest głoszeniem Słowa Bożego, a więc idą jako duszpasterze. Tymczasem połowa uczniów potrzebuje nie tyle katechezy, lecz raczej ewangelizacji od podstaw”. Przypominał, że „ogromną, choć trudną szansą ewangelizacyjną” jest szkolna katecheza i dziękował proboszczom, którzy wprowadzili w swoich parafiach przygotowanie do sakramentu bierzmowania w małych grupach.
Zwraca uwagę na niezastąpioną rolę parafii w dziele nowej ewangelizacji. "Pytamy dzisiaj, co zrobić, jakie cele postawić życiu Kościoła, ale najważniejsze pytanie jest, po co to robić - mówił we wrześniu 2013 na zakończenie zorganizowanego w stolicy II Kongresu Nowej Ewangelizacji. I wyjaśnił, że celem jest uwielbienie Boga i zbawienie człowieka. Zawsze o to chodzi, by człowiek spotkał Boga, tutaj i w życiu wiecznym. - Mamy w tym względzie dużo do zrobienia – powiedział kardynał podkreślając, że parafia ma być największym z możliwych narzędzi nowej ewangelizacji.
Misjonarz stolicy
W 2012 r. z inicjatywy kard. Nycza oraz ordynariusza diecezji warszawsko-praskiej abp. Henryka Hosera zorganizowano wielotygodniową „Misję Warszawy”. Jej celem było ożywienie życia parafialnego i współodpowiedzialności osób świeckich za rozwój lokalnego Kościoła. To także część europejskiej inicjatywy ewangelizacyjnej „Misja w metropolii”, stworzonej przez Papieską Radę ds. Krzewienia Nowej Ewangelizacji. Akcja objęła już 12 miast Europy.
Do realizacji "Misji" zaproszono księży i świeckich przedstawicieli wspólnot Chemin Neuf, Emmanuel, Neokatechumenatu, Odnowy w Duchu Świętym, Wody Życia. Organizowano marsze, spotkania, koncerty, akcje billboardowe na stacjach metra itp. Uczestnicy „Misji” w asyście kapłanów odwiedzali akademiki, kluby i puby, nawiązując rozmowy na tematy wiary. Kard. Nycz podkreślał, że "Misja Warszawy" jest czymś permanentnym, bo ewangelizacja Warszawy ma trwać nieprzerwanie.
Zgodnie z zapowiedzią metropolity w październiku 2012 r. w Warszawie powstała szkoła liderów nowej ewangelizacji, wykorzystująca doświadczenia różnych grup ewangelizacyjnych i duszpasterskich. Zajęcia prowadzone na Papieskim Wydziale Teologicznym (Sekcja św. Jana Chrzciciela) ukończyło już kilkaset osób – głównie katolików świeckich z kilkudziesięciu diecezji z całego kraju.
W październiku 2013 r. kard. Nycz zainaugurował w stolicy „Dziedziniec dialogu” – specjalne wydarzenie mające na celu dialog chrześcijan z niewierzącymi. To polska wersja „Dziedzińca pogan”, organizowanego w różnych światowych metropoliach z inicjatywy Benedykta XVI. Od tamtej pory "Dziedziniec dialogu" w Warszawie odbył się już czterokrotnie z udziałem wybitnych naukowców, ludzi kultury, polityków i publicystów. Zapowiadając w 2015 kolejna edycje Dziedzińca zauważył: "Poprzednie debaty pokazały, że ludzie mądrzy, wykształceni, mający wiele do powiedzenia potrafią na najtrudniejsze tematy ze sobą rozmawiać. Potrafią rozmawiać daleko inaczej niż jesteśmy tego często świadkami, czy to w świecie polityki czy w świecie mediów".
Kard. Nycz jako przewodniczący Rady Fundacji Dzieło Nowego Tysiąclecia, patronuje też corocznym obchodom Dnia Papieskiego, który jest już najbardziej widocznym elementem papieskich obchodów w Polsce. Dzięki jego inicjatywie Fundacja prowadzi też trwałą formację swoich stypendystów, dzięki czemu tworzy się ogólnopolskie, dynamiczne środowisko nieprzeciętnej, zdolnej, ambitnej i zaangażowanej społecznie młodzieży.
Wdzięczność Opatrzności Bożej
Od 2008 r. z inicjatywy metropolity warszawskiego obchodzony jest w pierwszą niedzielę czerwca Dzień Dziękczynienia. Ustanowiony został na terenie archidiecezji warszawskiej, ale w jego obchody włączają się również inne diecezje w Polsce. Jego ideą jest propagowanie wśród Polaków postawy wdzięczności za dobro, jakie otrzymują i aby uczyli się za nie dziękować – zarówno Bogu, jak i sobie nawzajem – jako naród i społeczność, ale także w wymiarze indywidualnym.
Obchody Święta Dziękczynienia, angażujące z roku na rok coraz większe rzesze wiernych z całego kraju, odbywają się na Polach Wilanowskich w Warszawie, przy Świątyni Opatrzności Bożej. Oprócz przestrzeni ściśle sakralnej przeznaczonej na sprawowanie liturgii, w świątyni znajdzie się m.in. nowoczesne muzeum Jana Pawła II i kard. Stefana Wyszyńskiego. Dokończenie budowy świątyni – dzieła zapoczątkowanego przez śp. kard. Józefa Glempa – bardzo leży na sercu obecnemu metropolicie stolicy.
11 listopada ub. roku nastąpiło otwarcie dla wiernych Świątyni Opatrzności Bożej - we wnętrzu świątyni sprawowano pierwszą Mszę św. Na początku liturgii, w której uczestniczyły najwyższe władze państwowe z prezydentem RP, kard. Nycz podkreślił, że uroczystość jest przede wszystkim dziękczynieniem, a świątynia - miejscem dziękczynienia i zawierzenia Bożej Opatrzności, oraz miejscem przymierza między Bogiem i człowiekiem. Konsekwencją tego przymierza jest zaś budowanie przymierza między ludźmi, którego bardzo potrzebuje współczesny świat i Polska. Obecnie została ukończona już zewnętrzna bryła świątyni, a prace wykończeniowe wewnątrz trwać jeszcze będą przez lata. W najbliższych miesiącach zostanie rozstrzygnięty konkurs na wystrój wnętrza.
Współpraca ze świeckimi
Metropolita warszawski zawsze stawia na współpracę ze świeckimi. Korzysta w pomocy powołanej przez siebie archidiecezjalnej Rady Duszpasterskiej. Jest w niej 30 świeckich i 6 księży. Rada ta - podkreśla kardynał - pozwala nie tylko wysłuchać opinii świeckich, ale korzystać z ich sugestii. Dodaje, że "duchowni bywają przyzwyczajeni do form działania duszpasterskiego, które zdawały egzamin 20 lat temu, a dziś muszą się zmieniać, a świeccy mogą w tym tylko pomóc".