Powróćmy do życia św. Franciszka. Gdy Pietro Bernardone, jego ojciec, wyrzucał mu zbytnią hojność w stosunku do ubogich, Franciszek w obecności biskupa Asyżu zrzucił z siebie odzienie, wyrażając tym symbolicznym gestem, że rezygnuje z ojcowskiego dziedzictwa; jak w momencie stworzenia, nie ma nic, tylko życie, które dał mu Bóg, i w Jego ręce się oddaje. Potem żył jak pustelnik aż do 1208 r., kiedy nastąpił kolejny przełom na drodze jego nawrócenia. Słuchając fragmentu Ewangelii według św. Mateusza, zawierającego mowę Jezusa do apostołów wysyłanych na misję, Franciszek poczuł się powołany do życia w ubóstwie i do oddania się kaznodziejstwu. Dołączyli do niego inni towarzysze, a w 1209 r. udał się do Rzymu, by przedstawić papieżowi Innocentemu III koncepcję nowej formy życia chrześcijańskiego. Ów wielki papież przyjął go po ojcowsku, bo oświecony przez Pana, pojął, że ruch zapoczątkowany przez Franciszka pochodził od Boga. Biedaczyna z Asyżu zrozumiał, że każdy charyzmat otrzymany od Ducha Świętego musi być oddany na służbę Ciała Chrystusa, jakim jest Kościół; dlatego działał zawsze w pełnej jedności z władzami kościelnymi. W życiu świętych charyzmat profetyczny i charyzmat władzy nie są w sprzeczności, a jeśli powstaje jakieś napięcie, potrafią oni cierpliwie oczekiwać na działanie Ducha Świętego.
W rzeczywistości w XIX w., a także w ubiegłym stuleciu niektórzy historycy obok tradycyjnej postaci św. Franciszka próbowali stworzyć tzw. Franciszka historycznego, podobnie jak próbuje się obok Jezusa z Ewangelii tworzyć tzw. Jezusa historycznego. Ów Franciszek historyczny rzekomo nie był człowiekiem Kościoła, ale był bezpośrednio związany tylko z Chrystusem, chciał doprowadzić do odnowy ludu Bożego bez form kanonicznych i bez hierarchii. Prawdą jest, że św. Franciszek był rzeczywiście bardzo bezpośrednio związany z Jezusem i ze Słowem Bożym, które chciał wprowadzać w życie sine glossa, tak jak jest zapisane, w całym jego radykalizmie i w całej prawdzie. Jest również prawdą, że początkowo nie zamierzał stworzyć zakonu, z koniecznymi formami kanonicznymi, lecz po prostu słowem Bożym i obecnością Pana chciał odnowić lud Boży, wezwać go na nowo do słuchania Słowa i do posłuszeństwa słowu Chrystusa. Ponadto wiedział, że Chrystus nigdy nie jest «mój», ale zawsze «nasz», że «ja» nie mogę mieć Chrystusa ani odtwarzać wbrew Kościołowi Jego woli i Jego nauczania, lecz jedynie w jedności Kościoła, zbudowanego na sukcesji apostolskiej, odnawia się również posłuszeństwo Słowu Bożemu.
Jest prawdą również, że nie zamierzał tworzyć nowego zakonu, a tylko odnowić lud Boży dla Pana, który przychodzi. Zrozumiał jednak z bólem i cierpieniem, że wszystko musi mieć swój ład, że potrzebne jest również prawo Kościoła, by nadać kształt odnowie, i rzeczywiście w pełni i całym sercem włączył się do wspólnoty Kościoła, z papieżem i biskupami. Wiedział zawsze, że w centrum Kościoła jest Eucharystia, w której Ciało Chrystusa i Jego Krew się uobecniają. Poprzez kapłaństwo Eucharystia jest Kościołem. Jedynie tam, gdzie są razem kapłaństwo i Chrystus, i komunia Kościoła, tam przebywa też Słowo Boże. Prawdziwy Franciszek historyczny to Franciszek Kościoła, i właśnie w ten sposób przemawia również do niewierzących, do wierzących należących do innych wspólnot wyznaniowych i do wyznawców innych religii.
Franciszek i jego bracia zakonni, których liczba stale rosła, osiedlili się w Porcjunkuli, bądź kościele Matki Bożej Anielskiej, najbardziej świętym miejscu duchowości franciszkańskiej. Również Klara, młoda kobieta ze szlacheckiej rodziny z Asyżu, została uczennicą Franciszka. Powstał w ten sposób drugi zakon franciszkański, zakon klarysek, inne doświadczenie, które zrodziło nadzwyczajne owoce świętości w Kościele.
Również następca Innocentego III, papież Honoriusz III, swoją bullą Cum dilecti z 1218 r. przyczynił się do szczególnego rozwoju Zakonu Braci Mniejszych, którzy w pierwszym okresie zaczęli zakładać swoje misje w różnych krajach Europy, a nawet w Maroku. W 1219 r. Franciszek otrzymał pozwolenie na podróż do Egiptu, by rozmawiać z muzułmańskim sułtanem Al-Malekiem al-Kamilem i również tam głosić Ewangelię Jezusa. Pragnę zwrócić uwagę na ten epizod z życia św. Franciszka, bardzo dla nas aktualny. W epoce, w której chrześcijaństwo ścierało się z islamem, Franciszkowi, który z własnej woli był uzbrojony tylko w swoją wiarę i łagodność, udało się nawiązać dialog. Przekazy mówią nam, że muzułmański sułtan przyjął go życzliwie i serdecznie. Z tego wzoru również dziś powinni czerpać natchnienie w nawiązywaniu stosunków chrześcijanie i muzułmanie: należy prowadzić dialog w prawdzie, w obopólnym szacunku i wzajemnym zrozumieniu (por. Nostra aetate, 3). Wydaje się też, że w 1220 r. Franciszek odwiedził Ziemię Świętą, rzucając ziarno, które wydało obfity plon: miejsca, gdzie żył Jezus, stały się bowiem szczególnym polem misji jego duchowych synów. Z wdzięcznością myślę dziś o wielkich zasługach franciszkańskiej Kustodii Ziemi Świętej.
Po powrocie do Włoch Franciszek powierzył kierowanie zakonem swemu zastępcy br. Piotrowi Cattaniemu, a papież oddał zakon, który stawał się coraz liczniejszy, pod opiekę kard. Ugolinowi, przyszłemu papieżowi Grzegorzowi IX. Założyciel zaś, oddający się z wielkim powodzeniem kaznodziejstwu, napisał Regułę, która została później zaaprobowana przez papieża.
W 1224 r. w pustelni na Alwerni Franciszek ujrzał Ukrzyżowanego pod postacią serafina i po spotkaniu z ukrzyżowanym serafinem otrzymał stygmaty, a tym samym stał się jednym z ukrzyżowanym Chrystusem: dar ten wyrażał zatem jego wewnętrzne utożsamienie z Panem.