Władze polskie wzywając do unikania walki z Armią Czerwoną nie uznały jej wkroczenia za powód do wypowiedzenia wojny i nie zerwały stosunków dyplomatycznych z Moskwą. Zaistniała sytuacja zadecydowała o tym, iż w nocy z 17 na 18 września prezydent Ignacy Mościcki wraz z rządem polskim i korpusem dyplomatycznym przekroczył granicę rumuńską, planując przedostanie się do Francji.
Razem z nimi terytorium polskie opuścił Naczelny Wódz marszałek Edward Rydz-Śmigły.
Pomimo wkroczenia wojsk sowieckich do Polski i ewakuacji najwyższych władz Rzeczypospolitej walki trwały nadal.
Od 17 września pod Tomaszowem Lubelskim armie „Kraków” i „Lublin” toczyły bój z Niemcami usiłując przedostać się na tzw. przedmoście rumuńskie. 20 września, po wyczerpaniu amunicji, skapitulowały.
22 września, po wielodniowej walce z Niemcami, dowódca obrony Lwowa gen. Władysław Langner poddał miasto Sowietom.
Do 28 września broniła się Warszawa, a do 2 października załoga Helu.
6 października zakończyła walkę ostatnia duża polska formacja - Samodzielna Grupa Operacyjna „Polesie”, dowodzona przez gen. Franciszka Kleeberga, która przedzierając się w kierunku stolicy toczyła boje i z Wehrmachtem i z Armią Czerwoną.
Ogromnie ważną kwestią w obliczu przegranej wojny stawało się zachowanie ciągłości istnienia i działania struktur państwowych. Dlatego też, wobec internowania przedstawicieli najwyższych władz Rzeczypospolitej w Rumunii, prezydent Ignacy Mościcki na podstawie art. 13 Konstytucji kwietniowej z 1935 r. zdecydował się na ustąpienie ze swego urzędu i wyznaczenie następcy w osobie Władysława Raczkiewicza.
30 września nowy prezydent, przebywający we Francji, powołał rząd, na czele którego stanął gen. Władysław Sikorski.
Kampania rozpoczęta we wrześniu 1939 r. zakończyła się dla Polski klęską. Samotnie walczące z niemiecką i sowiecką potęgą wojska polskie nie mogły liczyć w niej na zwycięstwo. W tej sytuacji, jak powiedział w jednym z wywiadów prof. Marian Zgórniak, nawet „gdyby na miejscu Rydza-Śmigłego był Aleksander Macedoński, też by tej kampanii nie wygrał”.