Aptekę watykańską odwiedziło trzech papieży: Pius XI, Paweł VI i Jan Paweł II. Papież Polak przybył tu na początku swego pontyfikatu, 28 kwietnia 1981 r. Zaledwie dwa tygodnie przed zamachem. Papież przybył do pałacu Belweder w późnych godzinach porannych. Przywitał się z braćmi bonifratrami oraz farmaceutami świeckimi. Przełożonym wspólnoty i dyrektorem apteki był wtedy br. Fabian Hynes, a wspólnota liczyła jedenastu bonifratrów. Ze świeckiego personelu zatrudnionych było dziewięć osób.
Papież Polak zwiedził lokale apteki na parterze, gdzie ludzie kupują leki, magazyn w podziemiach, gdzie są przechowywane medykamenty, oraz pomieszczenia mieszkalne bonifratrów na pierwszym piętrze. Wizytę zakończył w odnowionej kaplicy, gdzie zatrzymał się na osobistą modlitwę. Kiedy opuszczał aptekę, personel zażartował, że papież jest kiepskim klientem. Wychodząc, Jan Paweł II skomentował: „Nie używajcie lekarstw, bądźcie zdrowi”. Nikt nie przypuszczał, że niedługo ten Boży atleta, pełen życia i siły, stanie się coraz bardziej cierpiącym świadkiem Chrystusa i będzie zmuszony intensywnie korzystać z opieki medycznej. Do dziś we wspólnocie bonifratrów przekazywane jest świadectwo wiary Jana Pawła II, jego zawierzenia Matce Bożej i Panu Jezusowi w chwili zamachu. On sam również wielokrotnie wyrażał swoją wdzięczność braciom za ich służbę w czasie rekonwalescencji.
Dawniej w aptece watykańskiej były sprzedawane jedynie leki, dziś – podobnie jak w aptekach w Polsce i na świecie – obok leków znajduje się również drogeria. Można także nabyć specyfiki własnej produkcji. Jednym z najnowszych produktów watykańskich jest krem do rąk z kwasem hialuronowym, a teraz, w czasie pandemii, oferta została wzbogacona o środki do dezynfekcji rąk i maseczki.
Na przestrzeni prawie 150 lat papieska apteka była remontowana i rozbudowywana. Tak było w 1963 r. za Pawła VI, w 1989 r. za Jana Pawła II lokale zostały poszerzone, a ostatni większy remont miał miejsce pod koniec 2019 r. i trwał siedem miesięcy. Pacjenci wówczas mogli zaopatrzyć się w leki w tymczasowym kontenerze. Apteka w odnowionych pomieszczeniach została ponownie otwarta dla klientów 3 sierpnia ub.r., a poświęcenia ich dokonał 14 sierpnia gubernator Państwa Watykańskiego kard. Giuseppe Bertello. Tradycyjnym świadkiem remontów są tablice z herbem papieża, za którego dokonano zmian, i rokiem, kiedy to nastąpiło. Dziś są to nowoczesne podświetlane tablice.
Dyrektorem obecnie jest br. Binish Thomas Mulackal, a wicedyrektorem – Polak, br. Sebastian Grabowicz; w historii papieskiej apteki przewinęło się wielu Polaków. W aptece zatrudnionych jest dziś 65 pracowników (farmaceutów, braci, magazynierów i personelu administracyjnego). Wzmianki o pierwszych świeckich współpracownikach figurują od 1890-1891 r. Wówczas powierzano im pomniejsze zadania, gdyż praca aptekarza była zastrzeżona jedynie dla zakonników. W 1993 r. liczba świeckiego personelu wzrosła do 26 osób.
Powierzchnia apteki wynosi teraz 1000 m kw., a przechodzi przez nią ok. 40 tys. różnych medykamentów i produktów kosmetycznych. Po ostatnim remoncie obok zmiany umeblowania wprowadzono pewne nowinki, jak zastosowanie w magazynie trzech robotów Bd Rowa do dystrybucji leków, dzięki czemu personel może bardziej skupić się na służbie ludziom, oraz odnowienie strony internetowej, na której można śledzić status zamówionych leków.
Apteka codziennie obsługuje ok. 2000 osób, z których połowa jest spoza Watykanu. Choć po remoncie pomieszczenia apteki zyskały przestrzeń, to ze względu na trwającą pandemię niewiele osób może wejść do środka, tworzą się więc kolejki oczekujących na zewnątrz. Niewiele pomagają nawet numerki z różnymi kategoriami, każdy musi swoje odstać. Obowiązują maseczki i dezynfekcja rąk u wejścia.