Ks. Kaczyński był traktowany przez władze komunistyczne jako jeden z najważniejszych wrogów w sutannie.
Ten absolwent Wyższego Seminarium Metropolitalnego w Warszawie i kształcącej elity duchowieństwa Akademii Duchownej w Petersburgu podczas wojny polsko-bolszewickiej był kapelanem żołnierzy, natomiast w okresie międzywojennym posłem do Sejmu.
Angażował się w działalność Stowarzyszenia Robotników Chrześcijańskich, uczestniczył w tworzeniu Chrześcijańsko-Narodowego Stronnictwa Pracy. Wiele publikował w prasie katolickiej. W 1930 r. został – decyzją Konferencji Episkopatu – dyrektorem Katolickiej Agencji Prasowej. Z ramienia Episkopatu zajmował się też badaniem w Polsce zagrożeń, jakie płynęły z wolnomularstwa.
We wrześniu 1939 r. został ranny. Jednak 6 marca 1940 r. na wezwanie premiera Władysława Sikorskiego udał się do Włoch. Przedstawił papieżowi Piusowi XII memoriał o sytuacji w okupowanej przez Niemców Polsce. Był kapelanem prezydenta Władysława Racz
kiewicza, a w strukturach rządów RP na Emigracji pełnił teki rządowe (wiceminister informacji i dokumentacji, a następnie minister wyznań religijnych i oświecenia publicznego). Po odkryciu przez Niemców grobów katyńskich był inicjatorem wniosku o zbadanie sprawy przez Międzynarodowy Czerwony Krzyż.
Kiedy we wrześniu 1945 r. powrócił do Polski, natychmiast zainteresował się nim Urząd Bezpieczeństwa. Niezrażony, 11 listopada 1945 r. rozpoczął pracę w „Tygodniku Warszawskim”, którego we wrześniu 1946 r. został redaktorem naczelnym. Pismo skupiało autorów związanych z ruchem narodowym i przedstawiało wydarzenia w Polsce i na świecie w świetle katolickiej nauki społecznej. Już jako redaktor został proboszczem parafii Wszystkich Świętych w Warszawie.
Po raz pierwszy ks. Kaczyński został aresztowany 31 sierpnia 1948 r., ale zwolniono go po ośmiu dniach. 26 kwietnia 1949 r. został ponownie aresztowany. Przeszedł ciężkie śledztwo w areszcie UB na ul. Koszykowej, a po wyroku skazującym na 10 lat więzienia karę odbywał na Rakowieckiej. Interwencje biskupów, a nawet Stolicy Apostolskiej w sprawie jego uwolnienia, nie przyniosły żadnych efektów.
Kard. Stefan Wyszyński w swoich zapiskach „Pro memoria”, zanotował 18 maja 1953 r. znamienne słowa: „Otrzymałem wiadomość o pogrzebie ks. kan. Zygmunta Kaczyńskiego. Zmarł w więzieniu dnia 13 V br. Siostra otrzymała powiadomienie od władz więziennych, że zwłoki będą dostarczone do kościoła na Powązkach, gdzie może być Msza św. w obecności sześciu księży i rodziny. Zwłoki dostarczono dnia 18 V o godz. 9.40 w pace, bez ubrania, z głową osłoniętą papierem, po widocznych śladach sekcji zwłok. Ks. Kaczyński umarł rzekomo nagle, ku niespodziance władz więziennych. Ks. prałat de Ville odprawił Mszę św. i sam odprowadził ciało do grobów rodzinnych. Umarł w więzieniu człowiek o głośnym w Polsce i za granicą nazwisku. Śmierć ta zawstydza naszych rządców i dlatego pogrzeb urządzono po cichu”.
Sam Prymas Tysiąclecia odprawił za niego Mszę Świętą 20 maja rano w kaplicy Baryczków przed wizerunkiem Chrystusa Ukrzyżowanego.
20 maja 1953 Prymas zanotował: „Stał się symbolem, a swą dzielną postawą w ciągu czterech lat pobytu w więzieniu dał wspaniały przykład ducha kapłańskiego. Po powrocie przyjąłem siostrę ks. Kaczyńskiego, która dzielnie walczyła nie tylko o uwolnienie brata, ale o jego duchową postawę. Jeszcze 4 maja w czasie widzenia się z bratem odniosła wrażenie tężyzny duchowej Zmarłego. Nagła śmierć jest tajemnicą dla nas wszystkich. Ostatnie zapewnienie księdza prałata było: Nie lękaj się, ja się nie dam złamać. Jestem tu potrzebny dla tych, co się załamują”.
Dla władz komunistycznych z taką postawą, nawet w więzieniu ks. Kaczyński był niebezpieczny.
Co? Gdzie? Kiedy?
