Sanktuarium w Mogile jest najstarszym i najsłynniejszym w Polsce ośrodkiem kultu Pana Jezusa Ukrzyżowanego.
Odpust w Mogile rozpoczyna Msza św. z procesją pokutną, podczas której niesione są relikwie Krzyża Świętego. W dni powszednie odpustu, według stałego porządku, odprawiane są w bazylice Msze św. i nabożeństwa, podczas których przybywający licznie pielgrzymi rozważają mękę Zbawiciela, uwielbiają Go i dziękują za wszelkie dobro w życiu.
W tych dniach o godz. 11.30 odprawiana jest uroczysta Msza św., której przewodniczą wspólnoty zakonne z Krakowa: dominikanie, franciszkanie konwentualni, franciszkanie reformaci, księża misjonarze św. Wincentego á Paulo oraz paulini. Przypadający w odpustowym tygodniu piątek przeżywany jest jako dzień diecezjalnej pielgrzymki chorych i niepełnosprawnych Caritas. Przybywają oni tego dnia do mogilskiego sanktuarium, by powierzać swoje cierpienia Ukrzyżowanemu. Mszy św. podczas pielgrzymki będzie przewodniczył bp Damian Muskus OFM.
Wieczorne Msze św. gromadzą pielgrzymów z parafii nowohuckich i okolic wraz z duszpasterzami. Przed Eucharystią odprawiane jest nabożeństwo Drogi Krzyżowej na Placu św. Jana Pawła II w ogrodzie klasztornym.
Centralna uroczystość odpustowa przypada w niedzielę 17 września. Mszy św. o godz. 11.00 celebrowanej przy ołtarzu polowym na Placu św. Jana Pawła II będzie przewodniczył abp Marek Jędraszewski
W ostatni dzień odpustu, 21 września, sprawowana jest uroczysta Msza św., której przewodniczą cystersi z klasztorów w Mogile i na os. Szklane Domy. Jest to dzień dziękczynienia za otrzymane łaski w czasie kończącego się odpustu.
O kulcie relikwii Krzyża Świętego w mogilskim sanktuarium donosiła prasa w pierwszej połowie XX w. W archiwum klasztornym nie zachował się jednak dokument potwierdzający autentyczność relikwii. Stąd od 1961 roku opactwo posiada już potwierdzoną, sporą cząstkę relikwii Krzyża Świętego pochodzącą z bazyliki Santa Croce w Rzymie, która pozostaje pod opieka tamtejszych cystersów.
Relikwie Krzyża Świętego w krakowskiej Mogile można uczcić m.in. w czasie nabożeństw wielkopostnych, tradycyjnego odpustu z okazji święta Podwyższenia Krzyża Świętego oraz w ramach pierwszopiątkowych całonocnych czuwań, które zainicjowano blisko czterdzieści lat temu – w roku jubileuszu 60-lecia objawień Matki Bożej w Fatimie.
Sanktuarium w Mogile jest najstarszym i najsłynniejszym w Polsce ośrodkiem kultu Pana Jezusa Ukrzyżowanego. Cysterskie opactwo w Mogile powstało w XIII wieku. Kult tutejszego wizerunku Jezusa na krzyżu sięga najpewniej czasów króla Kazimierza Wielkiego.
Wizerunek Ukrzyżowanego nazywany jest „łaskami słynącym”, o czym świadczą liczne wpisy do sanktuaryjnych ksiąg i wota zostawiane przy krzyżu.