Chorował na glejaka – nowotwór ośrodka układu nerwowego. Pokazywał, jak przeżywać chorobę i cierpienie, uczył pogody, humoru i dystansu. „Dziękuję ks. Janowi Kaczkowskiemu za ukazywanie nam miłosiernego oblicza Pana Boga, który się wzrusza i spieszy z pomocą potrzebującym. RIP” – napisał na Twitterze abp Stanisław Gądecki, przewodniczący Konferencji Episkopatu Polski.
Ksiądz Kaczkowski był doktorem teologii moralnej i bioetykiem. Dużą popularność przyniosła mu wydana w 2012 r. książka „Szału nie ma, jest rak” – zapis rozmowy, jaką przeprowadziła z nim Katarzyna Jabłońska, oraz „Życie na pełnej petardzie, czyli wiara, polędwica i miłość” – rozmowa z Piotrem Żyłką. W ostatnich tygodniach wyszły jego kazania z lat 2013-15 zebrane w książkę „Grunt pod nogami”.