W 1923 r. wyjechał do Lublina, gdzie związał się z utworzonym w 1918 r. Katolickim Uniwersytetem Lubelskim. Dwa lata później, po rezygnacji z funkcji rektora bp. Czesława Sokołowskiego, został jego następcą. W 1924 r. na Uniwersytecie Jagiellońskim uzyskał habilitację na podstawie pracy, którą napisał pod kierunkiem ks. prof. Józefa Archutowskiego (beatyfikowany jako męczennik II wojny światowej). Funkcję rektora KUL ks. Kruszyński pełnił przez osiem lat. W tym czasie udało mu się doprowadzić do ustabilizowania bazy materialnej młodej uczelni. Wynegocjował podpisanie z Fundacją hr. Anieli Potulickiej przekazanie na rzecz KUL 6 tys. ha gruntu. Przyczynił się także do zapewnienia uczelni takich praw, jakimi cieszyły się uczelnie państwowe.
W 1928 r. watykańska Kongregacja Seminariów i Uniwersytetów w Rzymie nadała ks. Kruszyńskiemu tytuł doktora teologii. W 1933 r. po konflikcie z senatem uczelni zrezygnował z funkcji rektora i poświęcił się działalności naukowej, przede wszystkim przekładom z języka hebrajskiego na polski ksiąg Starego Testamentu. Znakomicie znał niemiecki, włoski, francuski, angielski, hebrajski, a nawet perski.
11 września 1939 r. został aresztowany przez gestapo i osadzony w więzieniu na Zamku Lubelskim. Po pewnym czasie zwolniono go, jednak 11 listopada 1939 r. został ponownie aresztowany. Przebywał w więzieniu do 19 kwietnia 1940 r.
Po odzyskaniu wolności internowany biskup lubelski Marian Fulman powierzył mu funkcję wikariusza generalnego na okres wojny. Pełniąc tę funkcję, ks. Kruszyński wystosował do gubernatora dystryktu lubelskiego Richarda Wendlera memoriał o prześladowaniach Kościoła podczas okupacji.
Po II wojnie światowej powrócił do Włocławka, gdzie wykładał biblistykę w miejscowym seminarium. Pracował też w Sądzie Biskupim. Od marca 1947 r. do sierpnia 1949 r. w imieniu Kapituły Włocławskiej zarządzał parafią katedralną. W tym czasie udało mu się usunąć zniszczenia w katedrze, których dokonano w czasie wojny. Jednym z jego wikariuszy był wtedy ks. Kazimierz Majdański, późniejszy biskup pomocniczy włocławski, a następnie arcybiskup szczecińsko-kamieński.
Dorobek naukowy ks. Józefa Kruszyńskiego to około 100 rozpraw naukowych na tematy biblijne, a także blisko 1000 artykułów i recenzji.
Kościół docenił jego działalność, nadając mu funkcję kanonika kolegiaty kaliskiej, kapituły włocławskiej, papieskiego prałata, a wreszcie w 1930 r. protonotariusza apostolskiego (infułata). Władze II Rzeczypospolitej uhonorowały go Krzyżem Oficerskim Orderu Odrodzenia Polski.
![]() | Wojciech Świątkiewicz |