Pomimo wkroczenia wojsk sowieckich do Polski i ewakuacji najwyższych władz Rzeczypospolitej walki trwały nadal.
Od 17 września pod Tomaszowem Lubelskim armie „Kraków” i „Lublin” toczyły bój z Niemcami usiłując przedostać się na tzw. przedmoście rumuńskie. 20 września, po wyczerpaniu amunicji, skapitulowały.
22 września, po wielodniowej walce z Niemcami, dowódca obrony Lwowa gen. Władysław Langner poddał miasto Sowietom.
Do 28 września broniła się Warszawa, a do 2 października załoga Helu.
6 października zakończyła walkę ostatnia duża polska formacja - Samodzielna Grupa Operacyjna „Polesie”, dowodzona przez gen. Franciszka Kleeberga, która przedzierając się w kierunku stolicy toczyła boje i z Wehrmachtem i z Armią Czerwoną.
Ogromnie ważną kwestią w obliczu przegranej wojny stawało się zachowanie ciągłości istnienia i działania struktur państwowych. Dlatego też, wobec internowania przedstawicieli najwyższych władz Rzeczypospolitej w Rumunii, prezydent Ignacy Mościcki na podstawie art. 13 Konstytucji kwietniowej z 1935 r. zdecydował się na ustąpienie ze swego urzędu i wyznaczenie następcy w osobie Władysława Raczkiewicza.
30 września nowy prezydent, przebywający we Francji, powołał rząd, na czele którego stanął gen. Władysław Sikorski.
Kampania rozpoczęta we wrześniu 1939 r. zakończyła się dla Polski klęską. Samotnie walczące z niemiecką i sowiecką potęgą wojska polskie nie mogły liczyć w niej na zwycięstwo. W tej sytuacji, jak powiedział w jednym z wywiadów prof. Marian Zgórniak, nawet „gdyby na miejscu Rydza-Śmigłego był Aleksander Macedoński, też by tej kampanii nie wygrał”.
Straty po stronie polskiej wynosiły ok. 200 tys., w tym 70 tys. poległych.
Do niemieckiej niewoli wziętych zostało ponad 400 tys. żołnierzy, w tym ponad 10 tys. oficerów.
Straty niemieckie wynosiły ok. 45 tys. poległych i rannych żołnierzy.
Ponadto armia niemiecka straciła ok. 1000 czołgów i samochodów pancernych oraz blisko 700 samolotów. Były to straty poważne i stanowiły ponad 30 proc. stanu bojowego.
W walkach z Armią Czerwoną zginęło ok. 2,5 tys. polskich żołnierzy, a ok. 20 tys. było rannych i zaginionych. Do niewoli sowieckiej dostało się ok. 200 tys. żołnierzy, w tym ponad 10 tys. oficerów. Straty sowieckie wynosiły ok. 3 tys. zabitych i 6-7 tys. rannych.
Ok. 70 tys. żołnierzy polskich przekroczyło granicę Rumunii i Węgier, natomiast na Litwę i Łotwę przedostało się ok. 18 tys.
W czasie wrześniowych walk wojska niemieckie postępowały z wyjątkowym okrucieństwem. Lotnictwo atakowało ludność cywilną, a Wehrmacht na zdobytych terenach dokonywał masowych egzekucji. Przykładem tego typu zbrodniczych działań były wydarzenia w Bydgoszczy, gdzie tylko 9 września rozstrzelano 400 Polaków.
Od początku działań zbrojnych Niemcy rozpoczęli także brutalne prześladowania ludności żydowskiej.
W sumie w wyniku niemieckich represji we wrześniu 1939 r. zginęło co najmniej 16 tys. osób.
Wkraczająca na ziemie Rzeczypospolitej Armia Czerwona zachowywała się równie bestialsko. W Grodnie po zajęciu miasta Sowieci wymordowali ponad 300 jego obrońców. Przykładów tego typu morderstw popełnianych na polskich wojskowych, policjantach i cywilach jest wiele, m.in. na Polesiu (150 oficerów) czy w okolicach Augustowa (30 policjantów).
Kampania wrześniowa jest i z pewnością długo jeszcze będzie tematem wielu sporów i dyskusji. Dyskusji, które nie toczą się na temat tego, czy Polska miała szansę na sukces w tym konflikcie, ale dotyczą geopolitycznych przesłanek klęski z 1939 r. i jej militarnych uwarunkowań.
Prof. Marian Zgórniak oceniając działania marszałka Rydza-Śmigłego i ministra spraw zagranicznych Józefa Becka z 1939 r., wyraził następującą opinię: „Nie popełnili błędu, ponieważ w okolicznościach, w jakich przyszło im działać, nie było w zasadzie lepszego wyjścia. Nie byli geniuszami, ale zrobili lepiej lub gorzej to, co do nich należało. Historia obeszła się z nimi okrutnie, ale taki jest już los polityków, którzy przegrali. Oczywistym ich sukcesem stało się to, że wojna Hitlera z Polską nie stała się wojną lokalną. Stała się początkiem wielkiej wojny, w której Zachód walczył również o Polskę. W chwili gdy we wrześniu 1939 roku przegrywała Polska, przegrywała także Europa”.
Historycy zgodni są najczęściej co do tego, iż żołnierz polski walczył dobrze. Dezercje z pola walki czy niesubordynacja należały do rzadkości.
„Stawiając czoło blitzkriegowi przez pięć tygodni w osamotnieniu - stwierdzał prof. Norman Davies - armia polska spisała się lepiej niż połączone siły brytyjskie i francuskie w roku 1940. Polacy spełnili swój obowiązek”.
O waleczności Polaków we wrześniu 1939 r. prof. Paweł Piotr Wieczorkiewicz pisał, iż „w ekstremalnie trudnych warunkach były przykłady graniczącego z fanatyzmem bohaterstwa: walka załóg Węgierskiej Górki, Borowej Góry i Wizny, obrona Warszawy, Lwowa i Wybrzeża, postawa Wołyńskiej BK w pierwszych dwóch dniach wojny, szaleńcza odwaga kawalerzystów gen. Abrahama w odwrocie znad Bzury, bitność 11 Karpackiej DP w Lasach Janowskich, odporność 1 DPLeg., zwanej przez Niemców z szacunkiem "żelazną", odyseja zgrupowania KOP i GO "Polesie" i oczywiście twarda postawa 10 Brygady Kawalerii Zmotoryzowanej”.
Analizując błędy popełnione w czasie kampanii wrześniowej część historyków zwraca uwagę na zbyt wczesne przeniesienie kwatery Naczelnego Wodza z Warszawy do Brześcia oraz przedwczesne opuszczenie stolicy przez prezydenta i rząd.
Niektórzy surowo oceniają działania samego marszałka Edwarda Rydza-Śmigłego, a szczególnie jego decyzję o przekroczeniu granicy rumuńskiej i opuszczeniu walczących wciąż jeszcze wojsk.
Wspomniany już prof. Wieczorkiewicz w artykule „Wrzesień 1939 – próba nowego spojrzenia” zarzucał Naczelnemu Wodzowi m.in.„karygodny wręcz sposób wdrożenia planu wojny w życie”.
„Plan wojny – pisał Wieczorkiewicz - nie dość, że ogólnikowy i nierozpracowany w kolejnych stadiach, marszałek co gorsza otoczył niezrozumiałym wręcz nimbem tajemnicy nie tylko wobec własnego sztabu (...) Kolejnym błędem stała się, również wyniesiona z wojny 1920 roku, skrajna wręcz centralizacja dowodzenia (...) Efektem, już w trakcie kampanii, stały się ingerencje Rydza-Śmigłego w rozkazodawstwo na poziomie dywizji i brygad, niemal zawsze spóźnione i nieadekwatne do sytuacji. Stało się tak, ponieważ, jak zauważa trafnie płk Porwit, "marszałek wziął na siebie obowiązki ponad siły, i to bez prawidłowej pomocy sztabu". Co gorsza, czego można było i należało się spodziewać, naczelny wódz, w warunkach rwącej się łączności pozbawiony najdalej po kilku dniach możliwości realnej komunikacji z podwładnymi, utracił praktycznie możliwość kierowania operacjami”.
Cytowany płk Marian Porwit, jeden z dowódców obrony Warszawy w 1939 r., oceniając kampanię wrześniową stwierdził, iż „została przegrana nie na miarę sił zbrojnych państwa o trzydziestopięciomilionowej ludności, zwłaszcza jeśli idzie o charakter i rozmiar walk".
Jednym z kluczowych pytań pojawiających się przy rozważaniach na temat 1 września 1939 r. jest pytanie dotyczące tego, czy Polska mogła wówczas uniknąć wojny z Niemcami.
Marszałek Edward Rydz-Śmigły tuż po wrześniowej klęsce odpowiedział nie następująco: „Polska wojny uniknąć nie mogła, jeśli nie chciała skończyć w niesławie. Poniosła i ponosi olbrzymie ofiary, ale dała początek wojnie wyzwoleńczej spod supremacji niemieckiej”.
Naczelny Wódz z 1939 r. nie miał najmniejszych wątpliwości, że przyjęcie pierwszych żądań stawianych przez Hitlera wobec Polski spowodowałoby pojawienie się następnych, dotyczących nie tylko Gdańska czy Pomorza, ale także Śląska i Poznańskiego. Celem tej taktyki było, zdaniem marszałka Rydza-Śmigłego, doprowadzenie do „zupełnego zniszczenie niepodległości Polski i całkowitego podporządkowania jej Niemcom”.
Co? Gdzie? Kiedy?
